Röviden

Twitter Updates

    Kövess a Twitteren

    Mikron

    Genetikától az űrkutatásig minden új természettudományos felfedezés amiről tudni érdemes.

    Mikron: egy kicsi tudomány minden nap

    Írj a szerkesztőknek

    Facebook

    Utolsó hozzászólások

    • Mikron: Köszönöm az elismerést! Amint tudom, a Mikront is folytatni fogom, nincs elfelejtve a dolog. Idön... (2011.03.08. 12:47) Mit fedezünk fel 2011-ben?
    • immortalis: @Mikron: a pulispace-t rendszeresen olvasom, és szurkolok. :) Az Origo-n nem tudtam, hogy publik... (2011.03.07. 18:22) Mit fedezünk fel 2011-ben?
    • Mikron: @immortalis: Egy darabig most sajnos kisebb aktivitással fog üzemelni a Mikron. Viszont kárpótlásu... (2011.02.17. 12:33) Mit fedezünk fel 2011-ben?
    • Utolsó 20

    Kulcsszavak

    117 (1) 2011 (1) adventi kalendárium (1) agykutatás (5) alh84001 (2) alkohol (1) állatkert (2) amerika (1) antarktisz (1) antianyag (1) antropológia (2) apollo (1) apophis (2) ares (3) arzén (1) aszteroida (7) atommag (2) baktérium (1) béka (1) betegség (3) biokémia (11) biológia (38) borostyán (2) brazíla (1) burgonya (1) cassini (5) chíle (1) csillag (2) cupola (1) darwin (2) dinoszaurusz (7) dns (3) dragon (1) dubna (1) eemian (1) egér (2) élet (2) erdőirtás (1) esőerdő (1) eszkimó (1) etológia (6) eu (1) evolúció (9) exobolygó (1) faj (6) falcon (1) farkas (1) felhívás (1) féreg (3) festmény (1) fizika (6) föld (2) fotó (1) fraktál (2) galaxis (5) genetika (16) genom (6) génterápia (2) gfaj 1 (1) gmo (1) goldenblog (1) gyémánt (1) gyűrű (1) hajóroncs (1) hal (2) hálózat (1) hellókarácsony (1) herschel (2) hibrid (1) hőlátás (1) hold (6) hubble (4) hüllő (1) ibm (1) iss (1) játék (1) jég (2) kaméleon (1) katasztrófa (1) kígyó (1) kincs (1) klímaváltozás (4) kókusz (1) kopasz (1) koponya (2) kovamoszat (1) kráter (2) krokodil (3) lábnyom (1) légpárnás (1) légy (1) lézer (2) lift (1) lóri (1) magyar (4) maja (1) mandelbulb (1) mars (8) matematika (2) medve (2) mélytenger (3) merkúr (1) messenger (1) mikrobiológia (3) mono (1) műhold (14) műholdfelvétel (9) művészet (1) nap (2) national geographic (2) nature (13) nazca (1) nebula (2) neptunusz (1) neurológia (6) növény (1) növényevő (2) óriáscsillag (1) orvostudomány (2) ősember (2) ősrobbanás (1) őssejt (3) paleobiológia (12) panoráma (3) phobos (1) pigmeus (1) pnas (4) pók (5) polip (1) pszichológia (2) pulispace (5) quake (1) rák (3) rakéta (7) rasszizmus (1) régészet (9) robotkar (1) románia (1) roszkozmosz (1) rover (3) ruha (1) sarki fény (2) science (10) spaceshiptwo (1) spacex (1) szaturnusz (5) szekvencia (4) szem (1) szerkesztői (6) szimbiózis (1) szindróma (1) születésnap (1) taxonómia (2) technika (29) tejút (2) teloméra (1) telomeráz (1) tigris (1) titán (2) trichomonas (1) tudomány (1) új faj (7) ununseptium (1) uránusz (1) űrkutatás (51) üstökös (1) üveg (1) vaccinia (1) vénusz (1) véset (1) világvége (1) virgin galactic (1) vírus (2) víziló (1) vízvirágzás (1) vonalkód (1) vulkán (2) wellcome (1) whiteknight (1) williams (1) x prize (5) zoológia (18)

    Megosztás és feed

    Share/Bookmark

    DNS vonalkódot minden növénynek

    2009.11.12. 02:55 Mikron

    IWIW Facebook Twitter Google Gmail Google Reader Tumblr

     

    Egy gyors karakterizálásra alkalmas DNS vonalkód bevezetéséről határoztak növénybiológusok egy most zajló konferencián. A vonalkódot két olyan gén képezi amely minden növényben megtalálható, de fajonként némileg eltér egymástól, így egyedi jelölőként funkcionál. A módszerrel lehetővé válik természetvédelmi területek kijelölésénél a jelen lévő védett növények kimutatása, vagy vitatott hovatartozású növények gyors azonosítása.

    2009 november 10-én sikerült a Mexikóvárosban megtartott 3. International Barcode of Life konferencia keretein belül megállapodni arról, hogy innentől kezdve minden szárazföldi növényt DNS vonalkód alapján azonosítsanak. A döntés értelmében 150 millió dollárból készül el 5 év alatt egy 5 millió vonalkódot tartalmazó könyvtár, melynek segítségével nagyjából félmillió növényfaj lesz azonosítható. "Ez a legnagyobb biodiverzitás genomikai program amire valaha is vállalkoztak" mondta el Paul Hebert a University of Guelph in Ontario munkatársa aki még 2003-ban rukkolt elő a DNS vonalkódozás ötletével.

    A módszer végre jelentősen lerövidítheti azt a procedúrát amit egy-egy növény meghatározása jelentett. Az időigényes morfológián (azaz a növény külső megjelenésén) alapuló meghatározás ugyanis erősen szubjektív és nem utolsósorban igencsak időigényes. Egy vonalkód leolvasás viszont ehhez képest rövid idő alatt megvan, és igen megbízható eredményt is ad. Az előzetes becslések szerint az esetek 99%-ában alkalmazható lesz a módszer, és az elsődleges tesztek alapján 72%-os valószínüséggel állapítható meg vele a helyes faj. Ez elsőre nem feltétlenül tűnik túl meggyőzőnek, de ha hozzávesszük, hogy a módszer 100%-os biztonsággal helyezi a megfelelő fajcsoportba a meghatározandó növényt, akkor máris látható a módszer haszna.

    Az eljárás lényege, hogy két olyan gént elemeznek a tudósok a vizsgálandó növény DNS állományában, ami minden növényben jelen van, de fajonként eltérő. A kapott génszekvenciát (azaz a kapott DNS darabot) összevetik a vonalkód adatbázissal, az egyező kód alapján pedig azonosítják a növényt. A módszernél kulcsfontosságú, hogy pontosan mely DNS darabokat használnak a kódolásra, ez ugyanis döntően befolyásolja a rendszer hatékonyságát. Hosszas előkészítés után végül az rbcL és a matK génekre esett a választás.

    Az rbcL gén egy létfontosságú enzimet kódol (teljes nevén a ribulóz 1,5-biszfoszfát karboxiláz oxigenázt) ami elengedhetetlen ahhoz, hogy a növények szén-dioxidból saját szerves anyagaikat felépíthessék. Az enzim olyannyira fontos, hogy minden zöld levélben  termelődik, és becslések szerint az egyik legnagyobb mennyiségben jelen lévő fehérje a Földön. Az általában rubisco-nak rövidített enzim két külön alegységből áll, az rbcL a "large", azaz a nagyobbik alegységet kódolja. A gén univerzálissága miatt úgynevezett molekuláris óraként is funkcionál, ugyanis közeli rokon fajok között kisebb eltéréseket mutat, mint távoliaknál. Két növényfaj rbcL-ének összehasonlításával emiatt felmérhető, hogy nagyjából mennyi ideje válhatott szét a két csoport egymástól.

    A szintén használt matK egy kevésbé ismert gén, feltehetőleg más RNS molekulák érésében játszik szerepet. Jelen szempontból viszont azért fontos, mert ez is univerzális növényi fehérje, és már korábbi vizsgálatokban is sikerrel vizsgázott növényhatározás terén.

    Ugyan a két gént már eddig is használták növényhatározásra, és többen is ezeket jelölték a vonalkód alapjának, a végleges döntés mégis csak most született meg. Az előkészítő bizottság ugyanis csak nehezen jutott konszenzusra, egyes tagok egy három génes megoldást javasoltak, mások a két gén mellé speciális "biztonsági régiókat" láttak szükségesnek. A döntés még így sem végleges, a mostani bejelentés után még ugyanis 18 hónap múlva felülvizsgálják a vonalkód helyességét.

    "Mindenki erre a döntésre várt már időtlen idők óta" mondta el David Schindel a Barcode of Life konzorcium főtitkára. A most lefektetett alapokon ugyanis végre megindulhat a vonalkód könyvtár építése, ami remélhetőleg néhány éven belül már rutinszerűen alkalmazható lesz a szárazföldi növények meghatározására.

    Forrás:
    The Great Beyond

    1 komment

    Címkék: genetika biológia vonalkód növény genom taxonómia

    A bejegyzés trackback címe:

    https://mikron.blog.hu/api/trackback/id/tr231518521

    Kommentek:

    A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.